Thành viên đầu tiên của Nhà Habsburg-Lorraine cai trị Đế chế La Mã Thần thánh chính là Hoàng đế Joseph II, một vị vua có chủ quyền trong Thời kỳ Khai sáng. Ông đã thực hiện nhiều cải cách, hầu hết đều gây bất lợi cho giới tăng lữ. Sau khi Joseph II qua đời vào năm 1790, em trai ông là Leopold, Đại công tước của Toscana lên kế vị với đế hiệu là Leopold II, vào năm 1791 vị hoàng đế này đã mời các cường quốc châu Âu giúp đỡ Hoàng gia Pháp dập tắt các lý tưởng của cuộc Cách mạng Pháp mà không cần sự can thiệp của quân đội. Ông mất vài ngày trước khi Pháp tuyên chiến với Áo.

Năm 1792, con trai của Leopold là Francis II, lên ngôi hoàng đế ở Frankfurt. Sau khi vua Louis XVI của Pháp cùng vương hậu và nhiều quý tộc Pháp bị chính quyền cách mạng chặt đầu, ông cùng các quân chủ châu Âu khác thành lập Liên minh thứ nhất chống lại nước Pháp Cách mạng. Liên quân ban đầu ghi nhận một số thành công, nhưng nhanh chóng bắt đầu rút lui, đặc biệt là trên Bán đảo Ý, nơi người Áo liên tục bị đánh bại bởi tướng Napoléon Bonaparte.[2]

Với Hiệp ước Campo Formio năm 1797, lãnh thổ Milan được giao cho Đệ Nhất Cộng hòa Pháp, trong khi người Áo chiếm lại Veneto, Istria và Dalmatia. Hiệp ước này được theo sau bởi các hiệp ước khác làm giảm quyền thống trị của Nhà Habsburg-Lorraine đối với Áo, Bohemia và Hungary; Francis II cũng bị buộc phải từ bỏ tước hiệu Hoàng đế La Mã Thần thánh, nhưng sau đó ông đã lập ra Đế quốc Áo và tự xưng là Hoàng đế, để khắc phục sự mất mát này.

Sau thất bại tại trận Leipzig (1813) và trận Waterloo (1815), Napoléon Bonaparte bị đày đến đảo Saint Helena, nơi ông qua đời.[3]

Năm 1815, Đại hội Viên được thành lập để khôi phục lại các nhà nước quân chủ trên khắp châu Âu mà Cách mạng Pháp và Đệ Nhất Đế chế Pháp của Napoleon đã xâm chiếm hoặc thay đổi ngôi vị. Các lãnh thổ của Nhà Habsburg-Lorraine đã được khôi phục lại hiện trạng như ban đầu. Liên minh Thần thánh được thành lập bởi Đế quốc Áo, Đế quốc Nga và Vương quốc Phổ, với nhiệm vụ là đàn áp tất cả các phong trào cách mạng thân Pháp hoặc đòi xoá bỏ chế độ quân chủ nổ ra trên khắp lục địa già.[4]

Trong những năm cai trị sau này, Hoàng đế Franz II đã theo đuổi chính sách tập trung hoá theo lời khuyên của Thủ tướng Metternich. Nhưng chính điều này và lý tưởng độc lập mới nổi ở châu Âu đã thổi bùng lên Cách mạng 1848, càn quét khắp châu Âu. Hoàng thân Metternich bị mất ghế Thủ tướng Đế chế Áo. Hoàng đế Ferdinand I của Áo phải tuyên bố thoái vị để ủng hộ người cháu của mình Franz Joseph, người này lên ngôi khi mới 18 tuổi với đế hiệu là Franz Joseph I.